#' Dendrograma
#' @aliases Dendrograma
#' @description Esta funcao retorna a figura do Dendrograma, distancias feneticas
#'   e correlacao cofenetica.
#' @usage Dendrograma(Dissimilaridade,
#'                   Metodo=3,
#'                   nperm=999,
#'                   Titulo="",
#'                   corte="Mojena1")
#' @param Dissimilaridade    Matriz contendo a estimativa das distancias entre
#'   tratamentos.
#' @param Metodo Valor numerico indicando o metodo a ser utilizado:
#'   \itemize{
#'  \item  1 = Ligacao simples (Metodo do vizinho mais proximo).
#'  \item  2 = Ligacao completa (Metodo do vizinho distante).
#'   \item  3 = Ligacao media entre grupo (UPGMA).
#'   \item  4 = Metodo de Ward.
#'   \item  5 = Metodo de Ward (d2).
#'   \item  6= Metodo da mediana (WPGMC).
#'   \item  7= Metodo do centroide (UPGMC).
#'   \item  8 = Metodo mcquitty (WPGMA).
#'   }
#' @param nperm Numero de permutacoes do teste mantel para testar a significancia
#' pelo teste Mantel.
#' @param Titulo Texto com o titulo a ser apresentado no grafico
#' @param corte Indica a metodologia considerada para estabelecer a linha de
#' corte no Dendrograma:
#'   \itemize{
#'  \item  FALSE = Indica que o ponto de corte nao sera apresentado.
  #'  \item  Mojena1 = Coeficiente de mojena considerando o K=1.25.
  #'  \item  Mojena2 = Coeficiente de mojena considerando o K=2.00.
  #'  \item   `Numeric`= Valor numerico indicando onde se deseja plotar a linha
  #'  de corte.
  #'  }
#' @return A funcao retorna o Dendrograma, distancias feneticas e correlacao
#'   cofenetica.
#'
#' @seealso \code{\link{hclust}}, \code{\link{dist}}
#' @references
#' @references
#' PlayList "Curso de Analise Multivariada":
#'  https://www.youtube.com/playlist?list=PLvth1ZcREyK72M3lFl7kBaHiVh5W53mlR
#'
#'
#' CRUZ, C.D. and CARNEIRO, P.C.S.  Modelos biometricos aplicados ao
#'   melhoramento genetico. 3nd Edition. Vicosa, UFV, v.2, 2014. 668p.
#'     (ISBN: 8572691510)
#'
#' FERREIRA, D.F. Estatistica Multivariada. (2018) 3ed. UFLA. 624p.
#'  (ISBN 13:978 8581270630)
#'
#'  HAIR, J.F. Multivariate Data Analysis.  (2016) 6ed. Pearson Prentice HalL.
#'   (ISBN 13:978 0138132637)
#'
#'   MOJENA, R. Hierarquical grouping method and stopping rules: an evaluation.
#'    Computer Journal, v.20, p.359-363, 1977.

#' @examples
#' data(Dados.MED)
#' Dist=Distancia(Dados.MED,2)
#' Dendrograma(Dist,2)
#' @export
#' @exportS3Method print Dendrograma
Dendrograma=function(Dissimilaridade,
                    Metodo=3,
                    nperm=999,
                    Titulo="",
                    corte="Mojena1")

{

  Dissimilaridade0=Dissimilaridade
  if(class(Dissimilaridade)=="Distancia"){Dissimilaridade=Dissimilaridade$Distancia}

############################################################
Met=c( "single","complete","average","ward.D","ward.D2","median","centroid","mcquitty" )
Dissimilaridade=as.dist(Dissimilaridade)

if(isFALSE((corte==FALSE)|(corte=="Mojena1")|(corte=="Mojena2")|is.numeric(corte))){
  warning("O objeto 'corte' deve conter um valor numerico ou os textos 'Mojena1' ou 'Mojena2'")
}

par(mar=c(1,4,1,1)+.5)

Arvore=hclust(Dissimilaridade,Met[Metodo])
plot(Arvore,hang=-1,main=Titulo,xlab="",sub ="" ,ylab="")
DistanciaFenetica=cophenetic(Arvore)
CorrelacaoCofenetica=cor(Dissimilaridade,DistanciaFenetica)

Mantel=CorrelacaoMantel(Dissimilaridade,DistanciaFenetica,nperm = nperm,Plot   = F)
fusao=Arvore$height
MojenaCorte=c(`k=1.25`=mean(fusao)+sd(fusao)*1.25,`k=2`=mean(fusao)+sd(fusao)*2)

if(corte=="Mojena1"){
  corte=MojenaCorte[1]
  lines(c(0,length(fusao+2)),c(corte,corte),col=2,lty=2)
}
if(corte=="Mojena2"){
  corte=MojenaCorte[2]
  lines(c(0,length(fusao+2)),c(corte,corte),col=2,lty=2)
}

if(is.numeric(corte)){
  lines(c(0,length(fusao+2)),c(corte,corte),col=2,lty=2)
}


resultado=list(#call = match.call(),
               DistanciaFenetica=DistanciaFenetica,CorrelacaoCofenetica=CorrelacaoCofenetica,SigCorrelCofenetica=Mantel,MojenaCorte=MojenaCorte,Ordem=Arvore$order)
 class(resultado)="Dendrograma"

if(class(Dissimilaridade0)=="Distancia"){
  resultado=list(#call = match.call()
  Distancia=Dissimilaridade0,
  MetodoDendo=Metodo,
  DistanciaFenetica=DistanciaFenetica,
  CorrelacaoCofenetica=CorrelacaoCofenetica,
  SigCorrelCofenetica=Mantel,
  MojenaCorte=MojenaCorte,Ordem=Arvore$order)
  class(resultado)="Dendrograma"
}
 par(mar=c(5, 4, 4, 2) + 0.1)
#print.Dendrograma(resultado)
return(resultado)
  }



print.Dendrograma = function (x, ...){
  cat("_________________________________________________________________________","\n")
  cat("Estimativa de correlacao cofenetica:","\n")
  print(x$CorrelacaoCofenetica)
  cat("Significancia da correlacao cofenetica pelo teste Mantel","\n")
  cat("pvalor:",x$SigCorrelCofenetica$p.value,"\n")
  cat("Hipotese alternativa: A correlacao e maior que 0","\n")
  cat("\n")
  cat("Ponto de corte pelo metodo Mojena","\n")
  print(x$MojenaCorte)
  cat("_________________________________________________________________________","\n")

}