# Grafico para representacao de matrizes
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# @description Esta funcao faz a representacao de matrizes em um grafico com escal de cor.
# @usage MatrixPlot(Matriz,Normatizar= c(0,1), Metodo="column", Col=NULL)
# @param Matriz Matriz com valores numericos.
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# @param Col Paleta de cores. Veja nos exemplos.
# @seealso /code{/link{HeatPlot}/} , /code{/link{heatplot}/}
# @references
# PlayList "Curso de Analise Multivariada":
#  https://www.youtube.com/playlist?list=PLvth1ZcREyK72M3lFl7kBaHiVh5W53mlR
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# CRUZ, C.D. and CARNEIRO, P.C.S.  Modelos biometricos aplicados ao
#   melhoramento genetico. 3nd Edition. Vicosa, UFV, v.2, 2014. 668p.  (ISBN: 8572691510)
#
# FERREIRA, D.F. Estatistica Multivariada. (2018) 3ed. UFLA. 624p. (ISBN 13:978 8581270630)
#
#  HAIR, J.F. Multivariate Data Analysis.  (2016) 6ed. Pearson Prentice HalL.
#   (ISBN 13:978 0138132637)
#@importFrom stats heatmap
# @examples
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# #PlotHeat

# #Distancia euclidiana
# data("Dados.MED")
# dist=Distancia(Dados.MED,Metodo = 3)
# dist
# Dendo=Dendrograma(dist)
# HeatPlot(Dendo)

# #Distancia Mahalanobis
# data("Dados.DBC")
# m=MANOVA(Dados.DBC,Modelo = 2)
# m
# dist=Distancia(m$Med,Cov=m$CovarianciaResidual,Metodo = 7)
# dist
# Dendo=Dendrograma(dist)
# HeatPlot(Dendo)

#Criando paleta de cores
# col0 = colorRampPalette(c('white', 'cyan', '#007FFF', 'blue','#00007F'))
# col1 = colorRampPalette(c('#7F0000', 'red', '#FF7F00', 'yellow', 'white',
#                           'cyan', '#007FFF', 'blue','#00007F'))
# col2 = colorRampPalette(c('#67001F', '#B2182B', '#D6604D', '#F4A582',
#                           '#FDDBC7', '#FFFFFF', '#D1E5F0', '#92C5DE',
#                           '#4393C3', '#2166AC', '#053061'))
# col3 = colorRampPalette(c('red', 'white', 'blue'))
# col4 = colorRampPalette(c('#7F0000', 'red', '#FF7F00', 'yellow', '#7FFF7F',
#                           'cyan', '#007FFF', 'blue', '#00007F'))
# HeatPlot(Dendo,Col=col1)
# HeatPlot(Dendo,Col=col3)
# HeatPlot(Dendo,Col=col4)
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#
# #Dados binarios
# data("Dados.BIN")
# Dist=Distancia(Dados.BIN,Metodo=12)
# Dist
# Dend=Dendrograma(Dist)
# HeatPlot(Dend)
# HeatPlot(Dend,Col=col3)
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# #Dados cat
# data("Dados.CAT")
# row.names(Dados.CAT)=paste0("T",1:nrow(Dados.CAT))
# Dist=Distancia(Dados.CAT,Metodo=10)
# Dist
# Dend=Dendrograma(Dist)
# HeatPlot(Dend)
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# @export







MatrixPlot=function(Matriz,Method="shade",Type ="full", Col=NULL,Back="white"){

  if(is.null(Col)==F){
    Cor=Col
  }
  if(is.null(Col)==T){
    Cor=colorRampPalette(c('#67001F', '#B2182B', '#D6604D', '#F4A582',
                                '#FDDBC7', '#FFFFFF', '#D1E5F0', '#92C5DE',
                                '#4393C3', '#2166AC', '#053061'))
  }

  Mat=as.matrix(Matriz)
  corrplot(corr = Mat,method = Method,type =Type,col = Cor(100),is.corr = F,bg = Back)


}