R: Estudo de coordenadas principais

CoordenadasPrincipais

R Documentation

Estudo de coordenadas principais

Description

Esta funcao possibilita o estudo dos componentes principais .

Usage

CoordenadasPrincipais(Dist,
       Dados=NULL,
       Padronizar=FALSE,
       main=NULL,
       correction="none",
       plot=TRUE)

Arguments

`Dist`	Matriz com as medidas de dissimilaridade.
`Dados`	Matriz com os valores de cada variavel.Deve ser utilizada quando se pretende apresentar no grafico a correlacao entre as variaveis respostas e as coordenadas principais. Esses dados devem ser acrescentados apenas em situacoes quando as variaveis sao quantitativas, caso contrario escreva 'NULL' (default).
`Padronizar`	Se for TRUE (default) os dados serao padronizados para ter media 0 e variancia igual a 1. Se for FALSE serao considerados os valores originais. Essa informacao e utilizada apenas quando o argumento Dados nao esta com 'NULL'.
`main`	Texto do titulo do grafico.
`correction`	Metodos de correcao para autovalores negativos: "lingoes" ou "cailliez". Default e: "none".
`plot`	Valor logico.Se for TRUE o grafico sera apresentado.

Value

Esta funcao retorna informacoes importantes para o estudo de coordenadas principais.

References

PlayList "Curso de Analise Multivariada": https://www.youtube.com/playlist?list=PLvth1ZcREyK72M3lFl7kBaHiVh5W53mlR

Cailliez, F. (1983) The analytical solution of the additive constant problem. Psychometrika, 48, 305â€“308.

CRUZ, C.D. and CARNEIRO, P.C.S. Modelos biometricos aplicados ao melhoramento genetico. 3nd Edition. Vicosa, UFV, v.2, 2014. 668p. (ISBN: 8572691510)

FERREIRA, D.F. Estatistica Multivariada. (2018) 3ed. UFLA. 624p. (ISBN 13:978 8581270630)

Paradis, E.; Schliep, K. ape 5.0: an environment for modern phylogenetics and evolutionary analyses in R. (2019) Bioinformatics. 526-528.

HAIR, J.F. Multivariate Data Analysis. (2016) 6ed. Pearson Prentice HalL. (ISBN 13:978 0138132637)

Lingoes, J. C. (1971) Some boundary conditions for a monotone analysis of symmetric matrices. Psychometrika, 36, 195â€“203.

Examples

#Exemplo com dados Quantitativos
data("Dados.MED")
Dist=Distancia(Dados.MED,Metodo=5)
CoordenadasPrincipais(Dist)
CoordenadasPrincipais(Dist,Dados.MED,Padronizar = TRUE)
#Compare os resultados com os componentes principais
ComponentesPrincipais(Dados.MED,padronizar = TRUE)

#Exemplo com dados Qualitativos

data=data("Dados.CAT")
Dist=Distancia(Dados.CAT,Metodo=10)
CoordenadasPrincipais(Dist)