DendrogramaR Documentation

Dendrograma

Description

Esta funcao retorna a figura do Dendrograma, distancias feneticas e correlacao cofenetica.

Usage

Dendrograma(Dissimilaridade,
                  Metodo=3,
                  nperm=999,
                  Titulo="",
                  corte="Mojena1")

Arguments

Dissimilaridade

Matriz contendo a estimativa das distancias entre tratamentos.

Metodo

Valor numerico indicando o metodo a ser utilizado:

  • 1 = Ligacao simples (Metodo do vizinho mais proximo).

  • 2 = Ligacao completa (Metodo do vizinho distante).

  • 3 = Ligacao media entre grupo (UPGMA).

  • 4 = Metodo de Ward.

  • 5 = Metodo de Ward (d2).

  • 6= Metodo da mediana (WPGMC).

  • 7= Metodo do centroide (UPGMC).

  • 8 = Metodo mcquitty (WPGMA).

nperm

Numero de permutacoes do teste mantel para testar a significancia pelo teste Mantel.

Titulo

Texto com o titulo a ser apresentado no grafico

corte

Indica a metodologia considerada para estabelecer a linha de corte no Dendrograma:

  • FALSE = Indica que o ponto de corte nao sera apresentado.

  • Mojena1 = Coeficiente de mojena considerando o K=1.25.

  • Mojena2 = Coeficiente de mojena considerando o K=2.00.

  • 'Numeric'= Valor numerico indicando onde se deseja plotar a linha de corte.

Value

A funcao retorna o Dendrograma, distancias feneticas e correlacao cofenetica.

References

PlayList "Curso de Analise Multivariada": https://www.youtube.com/playlist?list=PLvth1ZcREyK72M3lFl7kBaHiVh5W53mlR

CRUZ, C.D. and CARNEIRO, P.C.S. Modelos biometricos aplicados ao melhoramento genetico. 3nd Edition. Vicosa, UFV, v.2, 2014. 668p. (ISBN: 8572691510)

FERREIRA, D.F. Estatistica Multivariada. (2018) 3ed. UFLA. 624p. (ISBN 13:978 8581270630)

HAIR, J.F. Multivariate Data Analysis. (2016) 6ed. Pearson Prentice HalL. (ISBN 13:978 0138132637)

MOJENA, R. Hierarquical grouping method and stopping rules: an evaluation. Computer Journal, v.20, p.359-363, 1977.

See Also

hclust, dist

Examples

data(Dados.MED)
Dist=Distancia(Dados.MED,2)
Dendrograma(Dist,2)